建于清雍正年间，该寺出名的是它的神秘色彩。
“佛手指云呈净土，禅心会意证菩提”
丽江束河人立相原以编竹器为生，后到福国寺剃度为僧。某年，西藏大宝法王来到丽江，召见所有僧侣考核修习功夫，因立相功夫很深，大宝法王就带其进藏深造佛学。立相学成返回丽江弘扬佛法，正在选择建寺地址，相传有个异人，手指西空一片彩云说：“此可建寺。”立相便在这片云下建了寺庙，取名指云寺。
奇石
在指云寺后南侧坡头，有一奇石，从不同角度看，该石分别呈现男女生殖器形，据说是神秘的人类早期生殖图腾遗迹。石头上刻满梵文、藏文。经僧人识辨，内容可读的有：观音大悲咒，吉祥咒和金刚亥母咒等。
落水洞
站在指云寺前向东望，可以看见拉市海像一疋巨大而柔软的蓝缎，铺展开来，波光粼粼，扁舟点点，拉市海是个奇妙的季节湖，有的年份碧水满湖，到了翌年冬春，一夜之间竟踪影杳无。据说是因为湖底有时而堵塞、时而敞开的落水洞的缘故。
据丽江府志载：“传昔水涝不通，西僧摩伽陀跌坐石笋丛中，以杖穿穴泄水。”即指云寺右前半里处的落水洞，这个洞是拉市海唯一的原出水口，水落入地下，流向不清。60年代曾组织人潜入探测，传说湖下还有一地下湖泊。僧“以杖穿穴泄水”虽是神话，但为这一自然奇观增添了神秘色彩。
落水洞旁有一处摩崖画像，刻有一尊40厘米高的坐佛像。据指云寺《开山喇嘛僧立相遗言碑记》载，此为“摩迦院祖师记载”。摩迦宅又称赞宅崛哆，李元阳《云南通志》称他为神僧，“蒙氏保和十二年，自西域摩伽国来”。“保和”是南诏国王劝丰佑的年号。“保和十二年”即唐文宗太和九年。如果真是那样，早在唐代，这里就有高人韵士出没，难怪奇人要建议在这里建寺。
换糟朽檐柱的巧妙方法
寺庙大殿的左右两侧檐柱粗重踏实，并作双柱础处理，即在覆盆式柱础上置木雕莲花柱础，以便于更换糟朽檐柱，可谓独具匠心。这种手法在全国古建筑中并不多见。
如果时间充足可以骑车前往（骑车约需要一个半小时），路上可以玩拉市海。或者可包车前往，约30元左右。也可以在古城南边的忠义市场乘坐前往“海南”的中巴，3元/人（顺便还可以逛逛海南这个小村，这里的农家比较淳朴，可以多接近一些）。
这里目前还没有售门票。
寺旁所产蜜桃个大色艳，清香甘甜，享有盛誉。
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